Das Muğla Müzesi wurde 1992 in einem ehemaligen Gefängnisgebäude für Besucher eröffnet und beherbergt Türkeis erstes Naturhistorisches Museum. Es besteht aus drei Hauptausstellungshallen und einer Kunstgalerie, die um einen Innenhof angeordnet sind.
Der Großteil der Sammlung stammt aus Funden aus der antiken Stadt Stratonikeia im Bezirk Yatağan, aus Lagina und aus der antiken Stadt Cedrae auf der Insel Sedir. Die bemerkenswertesten Bereiche des Museums sind:
• Naturhistorische Halle: Tier- und Pflanzenfossilien aus 5–9 Millionen Jahren, die 1992 bei Ausgrabungen in Kaklıcatepe im Dorf Özlüce entdeckt wurden. • Gladiatoren-Halle: Das ursprüngliche Gladiatorenskelett aus Stratonikeia — einer der am besten erhaltenen Gladiatorenfunde in Anatolien. • Ethnografische Halle: Kleidung, Schmuck und Alltagsgegenstände aus der Region Muğla. • Innenhofausstellung: Skulpturen, Kapitelle, architektonische Fragmente.
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